В те годы Маркиш познакомился в Москве со своей второй женой - Эстер Лазебниковой. Позже она описала эту встречу в своей книге «Столь долгое возвращение»: "Проходя по Садовому кольцу, я по привычке заглянула к Авратинерам. Дверь мне открыл мужчина лет тридцати с небольшим. Он был красив необычайной, ослепительной красотой, и я уставилась на него во все глаза. Мягкий, пастельный овал его лица венчала шапка темных волос, небрежными локонами падавших на лоб. В полумраке передней его глаза в глубоких впадинах мерцали, как синие камни. И одет он был красиво — не так, как одевались в ту пору в России, переживавшей очередные временные трудности". (2)

Маркиш считается поэтом модернистом и экспрессионистом, в основном благодаря своим длинным поэмам: «Волынь», «Война», «Куча» и «Сорокалетний». Литературовед и критик Валерий Дымшиц также приписывает Маркишу попытку компенсировать недостаток романтической лирики на идише и отмечает, что сборник стихов «Чатыр-Даг» черпает вдохновение из романтического наследия и следует за стопами поэтов, таких как английский лорд Байрон и польский Адам Мицкевич. (3)

Еврейский Антифашистский Комитет

Еврейский театр, который также посещал Маркиш и в котором его пьесы были поставлены, был духовным и культурным центром московских евреев. Михоэлс, который был особенно харизматичной фигурой, был лидером в своем народе еще до получения официальной должности в комитете. Его дочь, Наталия, вспоминала, как ее отец всегда был в центре внимания:
"Отец ночевал у себя внизу, но с девяти у нас в квартире начинал трезвонить телефон: "Простите, можно попросить Михоэлса, Михоэлс обещал сегодня выступить у нас в Доме художника, мы ждем его к восьми вечера. Куда прислать за ним машину? Я не успеваю записывать, как снова звонок: Передайте, пожалуйста, Соломону Михайловичу, что звонили из художественного совета. У нас в восемь заседание. Машину мы пришлем. И снова звонок: Папа дома? Передай, что мы его ждем к восьми. Он обещал обязательно прийти. Воспользовавшись паузой между звонками, я набираю папин номер, но там уже безнадежно занято. Так начинается день. Три встречи, назначенные на один и тот же час, телефонные звонки и люди, люди, люди - ждущие, рвущиеся, добивающиеся встречи". (4)
 
Михоэлс сам признавал свое лидерство в еврейском обществе Москвы, утверждая, что он "обвешан судьбами" и свидетельствовал о себе: "Мне тяжело, и иногда мне кажется, что я один отвечаю за весь свой народ, не говоря уже о театре". (5) 
 

Михоэлс (справа), Маркиш (слева), и члены Антифашистсткого комитета

Начало конца

Переломный момент в истории комитета произошел в 1948 году. В начале того же года Михоэлс был насмерть сбит автомобилем в Беларуси в подозрительном происшествии, которое приписывают властям. Несмотря на это, официальная похоронная церемония состоялась в Москве. Маркиш написал с иронией стихотворение и посвятил памяти Михоэлсу: «Твою тропу вовек не скроют лед и снег.\ Твой крик не заглушит заплечный кат наемный, \ Боль твоих мудрых глаз струится из-под век.\ И рвется к небесам, как скальный кряж огромный.» (6)
В сентябре 1948 года визит Голды Меир в Москву в качестве первого официального представителя Израиля вызвал дополнительное недовольство в высших кругах власти. В центральной синагоге города ее встречали с овациями, и Сталин считал еврейский комитет ответственным за это. В ноябре того же года комитет был распущен, а его архивы засекречены. Зимой 1948–1949 годов произошла волна арестов, и многие известные еврейские деятели культуры были арестованы. Что касается Маркиша, он утверждал, что не он сам будет судиться, а еврейская культура и ее наследие.
Члены комитета, которые были арестованы, были представлены к суду и обвинены в шпионаже, измене родине и буржуазные намерения. Некоторые из них были вынуждены признать также помощь США и сионистам в попытке отсоединить полуостров Крым от Советского Союза.
После продолжительного судебного процесса 12 августа 1952 года были казнены: Соломон Лозовский – бывший заместитель наркома иностранных дел СССР, начальник Совинформбюро, Ицик Фефер – поэт, секретарь ЕАК, Давид Бергельсон – писатель и драматург, Йосиф Юзефович – исследователь в Институте истории академии наук СССР, Борис Шимелиович – главный врач Центральной клинической больницы им. Боткина, Перец Маркиш – поэт и драматург, Вениамин Зускин – актер и режиссёр, художественный руководитель еврейского театра в Москве, Лев Квитко – поэт и детский поэт, Давид Гофштейн –поэт, Эмилия Теумин – редактор международного отдела Совинформбюро, Илья Ватенберг – старший контрольный редактор Государственного издательства художественной литературы на иностранных языках, Чайка Ватенберг-Островская – жена Ильи и переводчица в ЕАК, и Леон Тальми – журналист и переводчик.
Обвиненные были приговорены к расстрелу. Единственным выжившим была ученая Лина Штерн, которая была приговорена к ссылке.
В книге о Зускине, его дочь Алла вспоминает на сколько близки были Маркиш и ее отец. По ее словам, оба нашли в творчестве, пронизанном еврейскими ценностями, смысл своей жизни. «Я не помню, кто сказал, что степень близости между людьми определяется кровью, текущей в их артериях, и что это бесспорно. Если это так, то кровь, текущая в артериях Маркиша и Зускина, которые были казнены в тот же день в тот же час, определила степень их близости, и ее не может быть выше. На это, видимо, намекала Эстер Маркиш, вдова поэта, которая написала мне от руки предисловие к книге, которую она составила в память о своем муже: "Эта книга также о нашей с тобой жизни"». (7)